1952年10月，杨尚昆急忙走进毛主席的办公室:“报告主席，南日岛失守了。”毛主席听到南日岛失守的消息后，厉声喝道：“南日岛失守，牺牲我将士1300多人，叶飞必须要负主要责任”。1952年10月8日，国民党“金门防卫司令”兼“福建游击军区司令”胡琏派特务化装成渔民，潜入莆田湄洲湾外的南日岛两天，得知南日岛只驻扎了解放军1个加强连的兵力，胡琏认为是偷袭的好机会10月11日晨7时，胡琏指挥其麾下9000余众，分乘10艘舰艇，在8架飞机的掩护下，突然向南日岛发起袭击。在进行大规模的偷袭之前，胡琏曾对南日岛发动过几次小规模的试探性进攻，但都以失败告终。蒋介石曾八次派兵攻打南日岛，企图以南日岛为跳板，占领福建两三个县，从而实现其“反攻大陆”的计划。但是在驻岛部队和岛上民兵的反击下，来犯的国民党军都被击退。在胜了几场仗后，南日岛守军出现了骄傲轻敌的现象，觉得国民党军也不过如此，胡琏的才能也就这么回事，放松了对敌人的警惕。在大规模偷袭之前，胡琏派遣特务对南日岛进行了实地侦查，比如派一些特务装扮成收海鲜，理发和做小买卖的老百姓到岛上解放军的军事部署，军队人数和武器配置。这些特务在夜间还频繁向附近国民党军控制的乌丘岛上发射电光信号。但是岛上如此频繁的异常迹象，并没有引起岛上守军的注意，岛上守军认为国民党军屡次攻岛失败，就算来了也能击退。当时守卫南日岛的是解放军83师249团1连，还有一个迫击炮排，一个重机枪排，以及团侦察排。进攻的国民党军是我军的几十倍之多，火力也远远强于我军。守岛官兵虽然进行了英勇抵抗，和敌军进行了长达11小时的激战，但由于敌众我寡，最后还是以失败告终。叶飞迅速命令一个陆战营和一个炮排，一个机枪排，从福建下海，在南日岛西沙山弯登陆，但是由于敌众我寡，这支部队上岛后很快被击溃。在这场战斗期间，28军和福建军区得到消息后，在不明敌情的情况下就仓促派兵出战，而且是逐次增兵，结果遭到敌军各个击破，造成了伤亡1300多人的惨重代价。南日岛战役失利后，叶飞对此次战役做了检讨，开始沿海各省、地、县都成立了对敌斗争委员会，如遇紧急情况，军队可随意征用民用车、船，并加强兵民协同演练，提高驻岛部队的紧急反应能力。