药师琉璃光如来所入的定又叫"除灭一切众生苦恼定"。佛入定后，从其头顶的肉髻中发出大光明。在那四射的光芒的笼罩中，佛开始演说大陀罗尼咒：
南谟薄伽梵帝，鞟杀社窭噜，薜琉璃钵剌婆，喝罗阁也，怛陀揭多耶，阿罗诃谛，三藐三勃陀耶怛侄他，崦!聛杀逝聛杀逝，聛杀社三没揭谛，莎诃。
那药师琉璃光如来当时在光明之中宣说这大陀罗尼神咒完毕，则大地发生六种震动，天地间放大光明，一切众生所有痛苦疾病立时会得消除，人人都得安稳快乐。